Come la prima casa dei Cavalieri di San Giovanni nei XVI e XVII Secoli, i palazzi, le chiese, i forti e le bastioni delle Tre Città, sono decisamente più antichi di quelli di Valletta. Le loro insenature portuali sono state in uso dai tempi dei Fenici. Il Porto Grande era stato ciò che convinse i Cavalieri a stabilirsi nella zona. Il commercio e il controllo del porto erano estremamente importanti.
I Fenici, i Greci, i Romani, i Bizantini, gli Arabi, i Normanni, gli Angiovini, gli Aragonesi e l'Ordine di San Giovanni contribuirono tutti quanti allo sviluppo di Birgu. La città era stata fortificata nel 1530 e rafforzata nel 1550 per essere preparata ad un attacco dell'Impero Ottomano. Questo rafforzamento comprese la construzione del Castello di Sant'Angelo, una grande fortificazione separata dalla città da uno stretto canale, invece dell'antico Castrum Maris. Il castello era connesso alla città per mezzo di un ponte levatoio.
Birgu era il centro di importanti battaglie tra i Cavalieri e gli Ottomani durante il Grande Assedio di Malta del 1565. Infatti per quattro mesi, i Cavalieri difesero con successo la città, che fu quasi presa dall'armata ottomana in agosto ma che fu ripresa dai Cavalieri sotto il Gran Maestro Parisot de Valette. I rinforzi arrivarono dalla Sicilia un mese dopo e l'Assedio fu abbandonato dagli Ottomani. Dopo questo, la nuova città capitale fu costruita sul Monte Sceberras e fu battezzata col nome di Valletta. Nel 1571, i Cavalieri trasferirono il loro convento e sede alla nuova capitale e Birgu perse molta della sua importanza. Nonostante questo, dopo l'Assedio Birgu ottenne il titolo di Città Vittoriosa,un titolo italiano per "Victorious city".
Fu abitata dal periodo Neolitico. Le sue strutture marittime cominciarono durante i tempi antichi intorno ai tempi dei Fenici all'incirca il 600 a.C. Prima del XVIII Secolo, era nota come Bormla, un nome che è ancora in uso. Le sue mura fortificate, sono state costruite per proteggere la città e le sue città vicine Birgu e Isla. Bormla, con i suoi sei chilometri di fortificazioni, ha un'impressionante Chiesa Parrocchiale con un oratorio colmo di opere d'arte.
È anche nota come Civitas Invicta perché riuscì a resistere all'invasione ottomana. L'isola su cui c'è Isla fu unita tramite un ponte a Birgu durante il governo dei Cavalieri di San Giovanni, ragion per cui acquisì una forma peninsulare. Durante la Seconda Guerra Mondiale, Senglea subì numerosi bombardamenti che devastarono gran parte della città e uccise molti dei suoi abitanti. A Isla ci sono due chiese stupefacenti (e cioè la Chiesa di San Filippo e la Chiesa della Madonna delle Vittorie). C'è anche un bel giardino alla sua estremità che guarda sul Porto Grande dove puoi trovare un grande esemplare di una guardiola (torretta di guardia) o in maltese Gardjola.